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苹果手机的短信应用中的消息被删除后，正常情况下不会留下未读信息。但如果使用了某些第三方应用或特殊设置，可能存在即使删除短信，仍然显示未读消息的情况。此外，若短信是同步备份到iCloud或其他服务上，即使手机本地删除，在设备上也可能仍然显示为未读状态。
为了确保删除所有短信并且不再显示未读信息，可以采取以下步骤：
1、进入短信应用。
2、在主页面上选择“编辑”选项。
3、勾选所有短信进行批量删除。
4、清理短信垃圾箱或回收站（如果存在）。
5、检查是否开启了iCloud或其他云服务同步功能，并考虑暂时关闭以清除所有设备的未读信息状态。
在删除任何数据之前，确保备份重要信息以防丢失，如果仍不确定如何处理未读短信或存在其他问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店获取更多帮助。